Упрощенно, своими словами(без учета тейков и прочего), процесс выглядит где то так.
Главный аниматор рисует основные позы движения (блокинг). Это, говоря упрощенно, ключевые позы описывающие движение. Без них движение не понятно.
Фазовщик фазует движение по расчетам главного аниматора, то есть рисует промежуточные фазы(позы) между ключевыми, нарисованными главным.
Так получается черновая анимация.
Она может содержать расчеты главного аниматора, вспомогательные линии, итп.
Обычно это рисуется на листах кальки(если что поправьте).
Затем клинеры на целлулоиде обрисовывают кальки. Рисуют пером контуры. Как правило все линии должны быть замкнуты и не торчать. Работа требует адской аккуратности. Естественно эти обводки уже не содержат вспомогательных линий, расчетов и прочего мусора. Так же на них уже надо следить все ли пуговицы у перса, итп мелочи, которые на черновой могут или вовсе отсутствовать или быть в неполном количестве.
Получаем на выходе чистую анимацию без помарок и подрисовок, самая большая трудность(говорим о технике), соблюдение чистого контура.
Затем заливщики заливают контуры с обратной стороны целлулоида(дабы не испортить контур) цветами согласно (не знаю как назвать, не профи, и не помню) скажем, листа персонажа, где описано какой конкретно у него цвет глаз, волос, одежды итп.
Потому и важно чтоб контуры были замкнуты. Насколько помню в классике персонаж всегда имеет обводку и краска не льется просто так.

Применительно к pencil это выглядит так.
Черновая анимация создается на слое битмап.
Прорисовка всех деталей (клининг) опущенных для достижения главного, анимации, делается на векторном слое.
Кто то может спросить, почему не рисовать черновую тоже в векторном слое. Ответ простой, программа может просто не выдержать большого количества точек, векторы ее прилично грузят.
Ну а почему рисуют чистовую не на растровом слое битмапа, думаю, очевидно. Качество при изменении разрешения...